Em meados da década de 30, o presidente Getúlio Vargas determinou que os restos mortais dos participantes da Inconfidência degredados para a África fossem trazidos de volta ao Brasil. Os ossos que puderam ser exumados chegaram em 1937. Numa época em que o resgate da memória brasileira começava a se tornar prioridade tanto para governo quanto para intelectuais, o local para depósito daquelas relíquias só poderia ser Ouro Preto.
Em 1974, teve início um longo trabalho que culminou com a reformulação completa da sua área expositiva. Em 2006, seria entregue ao público uma casa renovada, com um circuito expositivo que, finalmente, seria uma abordagem verdadeira da Inconfidência, em obediência ao que determinava o decreto de sua criação. Na esteira dessa obra que se estendeu por todos os setores, criou condições de excelência para o funcionamento de todos os Anexos.
A instituição hoje não se restringe ao prédio da Casa de Câmara e Cadeia. Três anexos abrigam as atividades da direção, secretaria, segurança, restauração e conservação, pesquisa e interação com a comunidade.
O Anexo I abriga o auditório – espaço destinado a eventos do Museu, que também é cedido a outras instituições da cidade – , a Sala Manoel da Costa Athaide, de exposições temporárias, e a Reserva Técnica.
No Anexo II funcionam a direção do Museu, o Laboratório de Conservação e Restauração, as seções de Difusão do Acervo e Promoção Cultural, Segurança e Serviços Gerais, Documentação Museológica e Assessoria de Comunicação.
No Anexo III, conhecido também como Casa do Pilar, ficam o Arquivo Histórico, os setores de pesquisa histórica e musicológica, a Biblioteca, o setor Pedagógico e a estrutura administrativa da instituição.
